Les Equipes de Recherche ont été regroupées en 5 Départements en fonction de leur centre de gravité thématique. Les Départements sont des outils d’affichage, de renforcement et d’animation des identités disciplinaires de IEES Paris. Les Départements sont chargés de l‘animation de leur secteur scientifique, ils élaborent des propositions de recrutement et priorisent les investissements techniques financés sur les crédits communs. Ils disposent d’un budget propre.